凍干機進行樣品凍干的整個過程中都是在低溫低壓的環境下進行，這種環境特性，使得凍干方式能有效保留凍干樣品之中的熱敏性成分及原有生物特性，為樣品的保存或后期的實驗都提供了很好的幫助。

凍干過程是一個由低溫逐漸緩慢升溫的過程，如果升溫過快、溫度過高，容易導致最終凍干產品外觀崩塌、品相不佳，凍干過程分為：預凍、升華干燥、解析干燥等三個階段。

因此凍干一次一般需要24小時左右，具體凍干產品也有所不同，如果是結晶點低的生物制品，一般需要三十幾個小時。